В основе классификации болезней медоносных пчёл лежит этиологический (причинный) признак. Это позволяет быстро поставить правильный диагноз, установить причину болезни и организовать соответствующие мероприятия. Согласно существующей классификации известны следующие болезни пчёл.

Инфекционные болезни - американский и европейский гнильцы, парагнилец, порошковидный расплод, гафниоз, колибактериоз, сальмонеллёз, септицемия, спироплазмос, мешотчатый расплод, острый паралич, филаментовироз, прочие вирозы, аскосфероз, аспергилёз, меланоз, кандидамикоз, прочие микозы.

Инвазионные болезни - нозематоз, микроспоридиоз, нозематоз личинок и куколок, амебиаз, гаплоспоридиоз, грегариноз, критидиоз, нематодозы, акарапидоз, экзоакарапидоз, варрооз, пиемотоз, тропилелапсоз, браулёз, конопидозы, мелеоз, мелиттобиоз, мутилоз, сенотаиниоз, стилопсоз, форидозы.

Незаразные болезни:

1) болезни, обусловленные неполноценными и недоброкачесивенными кормами:

- углеводное голодание, белковая дистрофия, гиповитаминозы, недостаток прочих веществ, алиментарная диарея, солевые токсикозы, фитотоксикозы, падевый токсикоз, отравление грибами растений, пестицидами и промышленными выбросами.

2) болезни, вызываемые нарушением содержания:

- пчелинное воровство, налёт и слёт пчёл, застуженный расплод, охлаждение пчёл, запаривание, карликовость, нарушения, вызванные физическими факторами.

3) болезни, вызванные нарушением разведения:

- наследственные заболевания и нарушения эмбрионального развития, стерильные яйца, чёрные яйца, нарушения откладки яиц маткой, генетическая летальность, уродство куколок, диплоидные трутни, партеногенетические самки, аномалии в строении организма пчёл, карликовость.