Организм обсеменяется микрофлорой, содержащейся в почве, воде, воздухе, кормах. Из внешней среды она попадает на кожу, слизистые оболочки, в дыхательные пути, пищеварительный тракт и мочеполовые органы. С первым вдохом и глот­ом молозива в организм новорожденного попадают различные микроорганизмы. Желудочный сок разрушает большинство микроорганизмов, поэтому у животных с однокамерным желудком микрофлоры немного, с многокамерным — очень много (до 10 млрд в 1 мл содер­жимого рубца) и составляют до 10 % сухой массы кор­ма. В толстом кишечнике до 40 % сухого вещества содержимого составляют микроорганизмы.