Важная роль как в процессе пищеварения, так и в защите эпителиальных клеток средней кишки от меха­нических повреждений, проникновения микроорганизмов отводится перитрофической мембране (околопищеводной оболочке). Она образуется эпителиальными клетками средней кишки. Пищеварительные ферменты обладают высоким бактериостатическим и бактерицидным дейст­вием. В средней кишке задерживается развитие бактерий. При даче корма с большим количеством бактерий толщина перитрофической мембраны возрастает, что указывает на ее активную роль в защите организма пчел от их проникновения. Бактерицидные свойства со­держимого кишечника зависят от возраста насекомых — у личинок оно слабее действует па грамположительные бактерии, а у взрослых — на грамотрицательные. Нейтральная и слабощелочная среды задерживают развитие бактерий.

При неблагоприятных для медоносной пчелы условиях — наличие в меду пади, небольших доз ядохими­катов, изменение реакции кишечника, дача большого количества сахара на зиму — снижаются резистентности организма и образование эпителиальными клетками перитрофической мембраны. Это создает благоприятную возможность развития и проникновения микроорганиз­мов через стенку кишечника.

Задний отдел кишечника состоит из тонкой и толс­той кишок, которые с внутренней стороны выстланы хитиновой оболочкой. В толстой кишке накапливаются экскременты в течение зимы. Кишечное содержимое за счет окисления глюкозы приобретает кислую реак­цию, что препятствует развитию гнилостных микроорга­низмов и образованию ядовитых для организма ве­ществ.

Удаление продуктов распада белка, солей и других веществ осуществляют органы выделения. Основная роль в выполнении этой функции отводится мальпигиевым сосудам, которым помогают экскреторные клетки жи­рового тела и перикардиального синуса.

Местом проникновения микроорганизмов могут быть влагалище и яйцеводы матки, особенно при инструментальном осеменении. У здоровых маток препятствует проникновению микроорганизмов тонкий слой хитина, выстилающий их просвет.